Los tipos de peces que se encuentran en las Islas de la Bahia, varían con el hábitat porque la mayoría tienen la tendencia de ir a solo ciertos lugares: al zacate marino, a los arrecifes mas profundos, o a las costas. Una razón por la cual hay tantos tipos de peces es porque hay una gran variedad de comida para ellos, varias veces concentrada en diferentes lugares. No es una gran sorpresa que los peces vegetarianos son mas numerosos arriba de los 10 metros adonde la luz es fuerte y las plantas crecen mejor. Aquí es donde se encuentran los pintorescos peces loras con su boca que parece pico. Los peces lora muerden y rascan al coral y otras superficies rocosas para quitar las algas. Todo lo que comen se convierte en un polvo fino y el material no diferido es depositado en el agua como arena fina que ayuda en formar las bellas playas de arena blanca de las Islas.
Algunos tipos de peces como el pez gatillo, los filefish, los wrasses, el pez mariposa y el pez angel nadan alrededor del arrecife durante el dia buscando comida. Otros como el pez cabro, el drum, el pez cerdo, y la mojarra cazan en la arena y el zacate marino alrededor del arrecife. pero otro tipo de peces que por la noche se vuelve activo es un grupo diferente de peces presentes en este arrecife que son cazadores nocturnos; los roncadores y los pargos (cuberas) esperan pacientemente en la sombre del arrecife durante el día, pero al ponerse el sol, viajan al zacate marino a comer bajo la protección de la oscuridad. En el arrecife, el pez ardilla y el pez cardinal nadan y cazan toda la noche regresando a la seguridad de sus escondites en los arrecifes antes de salir el sol.
Con seguridad, los tipos de peces vegetarianos más abundantes del arrecife son los peces doncellas pequeños. Estos son altamente agresivos, protegiendo sus pequeños jardines de alga de cualquier peligro. El tamaño del agresor no le importa a este valiente pez; ellos morderán aun a buceadores para espantarlos. El pez cirujano es un herbívoro que viaja en escuelas para mejor protección, como también para brumar a las habilidades defensivas del pez doncella. Otro herbívoro que anda en escuelas es el chub (rechoncho) que puede ser visto entre las algas o nadan rápidamente arriba del arrecife.
Y finalmente, hay depredadores más grandes esos que comen otros de su tipo. Para el alivio de muchos buceadores, las Islas de la Bahía tienen relativamente pocos tiburones y barracudas. El único tiburón que podría ver un nadador es el tímido tiburón enfermera que se pasa el día durmiendo bajo los aleros de coral. No molesta a los humanos al menos que se sienta amenazado. Las barracudas no son raras, pero no son causa de alarma. Rara vez cazan en el arrecife durante el día. Como otros peces de caza, como los jerels, prefieren concentrar sus esfuerzos durante las horas tempranas de la mañana y al anochecer, horas en las cuales ni los peces diurnos ni los nocturnos están completamente activos.
Los arrecifes de las islas de la bahia no tienen comparación en cuanto la variedad de tipo de peces y el número de peces comedores de plancton. A una profundidad de 15-18 metros, nubes de sienes de peces se ven reflejadas contra la superficie bien iluminada. Los representantes de las familias de los peces doncella, wrasse, pargos, pez gatillo y jureles son los miembros más comunes de estos grupos de nadadores libres.
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