Los arrecifes en las Islas de la Bahia son esculpidos por una interacción siempre cambiante entre los vientos, las mareas, las corrientes, la luz solar, y la forma de piso marino. El resultado es que no hay dos exactamente iguales. Una variedad colorida de otros seres vivientes también se agregan a la complejidad total y la diversidad biológica del arrecife. Los corales en si son de dos grupos: el tipo que construye los arrecifes y otro grupo que segrega un esqueleto flexible en vez de uno hecho de carbonato de calcio. Estos corales suaves incluyen estructuras similares a plantas como ser los abanicos de mar y los látigos de mar. Las anemonas tan familiares son también parientes cercanos de coral.
Las Islas de la Bahía han sido bendecidas con una variedad realmente impresionante de esponjas. Este grupo primitivo de criaturas marinas contiene formas pequeñas incospicuas que la mayoría de las veces pasan desapercibidad, como también barriles gigante que podrían fácilmente contener varios buceadores dentro de sus cavidades centrales inmensas. En los arrecifes más profundos, se necesita luz para capturar los tonos brillantes de amarillo, anaranjado y rojo de estas comedores por filtración
La vida de los arrecifes en las Islas de la Bahia han sido comparada con una ciudad, con diferente sub-habitantes que ocupan roles diferentes y haciendo diferentes funciones. Es papel de ciertos organismos de los arrecifes actuar como “el tren de aseo” manteniendo el arrecife y sus habitantes libres de basura y parásitos. Entre los más activos de éstos están los crustáceos camarones, cangrejos y langosta. Los camarones pequeños de la limpieza de colores brillantes son fáciles de observar. Varios viven dentro de la protección segura de los tentáculos urticantes de las anemonas y varias veces ofrecen a sus huespedes el servicio de limpieza como pago. Los cangrejos y las langostas son carroñeros activos, emergiendo durante la noche de sus sitios de protección para limpiar el piso del mar de cualquier resto de animal.
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